前身为原国立中央大学建筑系，创立于1927年，是中国现代建筑学学科的发源地。1949年更名为南京大学建筑系，1952年全国高校院系调整后成为南京工学院建筑系，1988年随学校复更名为东南大学建筑系，2003年组建为。学院下设三个系和四个研究所，即建筑系、城市规划系、景观学系、建筑历史与理论研究所、建筑科学与技术研究所、美术与设计研究所、建筑运算与应用研究所。著名建筑学家杨廷宝教授、童寯教授和刘敦桢教授曾长期在此任教和主持工作。九十余年来，建筑学院已为国家培养众多建筑类高级人才，其中院士12名，全国工程勘察设计大师15名。建筑学院是全国高等院校建筑学专业教学指导委员会历届主任挂靠单位。