成立于2005年，原为“东南大学城市空间研究所”，2020年更名为“东南大学城市空间研究院”，由中国科学院院士、全国工程勘察设计大师段进教授担任院长。

东南大学城市空间研究院长期从事城市规划设计的理论研究与技术研发工作，主要研究方向包括：城市空间发展研究，城市设计和空间基因。出版《城市空间发展论》、《太湖流域古镇空间结构解析》、《世界文化遗产西递古村落空间解析》、《中国当代城市设计思想》等20部学术专著，在国内外重要期刊发表学术论文百余篇。科研成果获2015年国家教育部科学技术进步奖二等奖，2018年华夏建设科学技术奖一等奖，国家发明专利2项，软件著作权2项，著作权8项。2021年，“空间基因解析与传承技术”荣登2020“科创中国”先导技术榜单，这也是全国规划行业唯一入选的技术成果。

城市空间研究院也先后承接了一批服务国家战略的重大项目，及国内外有重要影响的规划设计任务。如参加长三角生态绿色一体化发展示范区国土空间规划工作营，雄安新区、起步区的规划编制工作营；统筹国土空间规划城市设计指南编制、雄安新区规划技术指南编制、长三角生态绿色一体化发展示范区规划建设导则。截至2022年9月，获国际和国家级规划设计奖29项，其中包括全国优秀规划设计一等奖5项（2005、2011、2015、2019）、国际城市与区域规划师学会（ISOCARP）卓越设计奖1项（2018）、欧洲杰出建筑师论坛（LEAF）最佳城市设计奖1项（2018）、世界建筑节WAFX奖1项（2022）、亚洲建筑师协会建筑荣誉提名奖1项（2015）等。获国际设计竞赛优胜奖17项，其中包括《河北雄安新区起步区城市设计国际咨询》优胜设计成果（2017）。3项作品入选国际百年城市设计巡展。